《寒战1994》是一部以香港警匪对峙为背景的犯罪剧情片，故事围绕1994年一起震惊全港的警局内部腐败案展开。影片开场，警队精英刘杰辉（由郭富城饰演）被任命为特别行动组组长，负责调查一宗涉及高层警官的神秘失踪案。随着调查深入，刘杰辉发现这不仅仅是一起简单的失踪事件，而是涉及到警队内外勾结、权力博弈的复杂网络。与此同时，他的搭档李文彬（由梁家辉饰演）作为资深警员，表面上协助调查，实则暗中与敌对势力周旋，两人之间微妙的信任与猜忌贯穿全片。
剧情核心在于对1994年香港警队“寒战行动”的重新解构。影片通过倒叙和插叙手法，揭示了当年一场针对黑帮头目“毒蛇”的围剿行动如何演变成警队内鬼的叛变。刘杰辉在追查中逐步接触到关键人物：前警司陈国华（由李子雄饰演），他因卷入腐败案而自杀身亡，留下线索指向警队高层。此外，黑帮成员“阿虎”（由张耀扬饰演）作为目击者，被迫加入刘杰辉的调查，却不断制造真假难辨的迷局，使得剧情扑朔迷离。
人物关系方面，刘杰辉与李文彬的师徒情谊是影片的情感主线。两人曾共同经历过生死考验，但李文彬的私生子身份（由彭于晏饰演）成为推动矛盾的关键。李文彬为了保护儿子免受黑帮报复，不得不越过法律界限，甚至与昔日战友反目。此外，刘杰辉的妻子（由周秀娜饰演）作为前记者，暗中提供警队内部资料，她的出现既增添了悬疑色彩，也暴露了警队信息泄露的源头。
影片高潮在1994年圣诞夜到达顶点：刘杰辉在废弃码头与内鬼展开终极对决，却意外发现李文彬竟是幕后黑手之一。这一幕通过闪回镜头揭示出1994年行动中，李文彬因失误导致儿子被绑架，从而被迫与黑帮合作。最终，刘杰辉在法与情之间做出抉择，他逮捕了李文彬，但放过了其儿子，留下开放式结局。影片以一句台词收尾：“1994的寒战，没有赢家。”这深刻反思了权力贪婪对人性的腐蚀。